In der Gerudo-Wüste übernimmst Du Ganondorf. Sein Vorstoß beginnt mit dem Aufbau einer eigenen Armee. Nimm zunächst die erreichbaren Festungen an der Südoase und in der Wüstenmitte ein. Besiege danach die Torwächter bei den Gefangenen im Südosten, Norden und Nordosten, um Deine künftigen Verbündeten zu befreien.
Die drei großen Monster getrennt bekämpfen
Arbeite Dich zur Siedlung im Südwesten vor und erobere ihre beiden Festungen. Anschließend führt Dich das Ziel zu den vier Aeralfos beim Heiligtum im Nordosten. Schau auf ihre Markierungen, falls einzelne Gegner schon aus dem ursprünglichen Bereich herausgelaufen sind. Sind sie besiegt, erscheinen Gohma, König Dodongo und Manhandla.
Fange die drei Bosse getrennt ab. Wenn sie sich treffen, werden sie verstärkt und der Kampf wird unnötig zäh. Für Gohma hältst Du den Bogen bis zum blauen Auge bereit. König Dodongo bekommt beim Einsaugen Bomben ins offene Maul. Manhandlas aufleuchtende Köpfe triffst Du mit dem Bumerang. Nach dem richtigen Werkzeug folgt jeweils die Nahkampfphase auf den freigelegten Schwachpunkt.
Ganondorfs Herzteil liegt in der erhöhten Festung am Klippenrand. Hole es, wenn die Monsterroute unter Kontrolle ist. Die erste Skulltula dieser Schlacht hängt nach 1.000 besiegten Gegnern an der nordöstlichen Wand nahe der Gerichts-Festung. Mit dem Sieg über die drei Monster ist Ganondorfs Armee bereit für den nächsten Angriff.
Ranelle-Schlucht: Die echten Gegner finden
In der Ranelle-Schlucht sicherst Du zunächst West- und Ostheiligtum. Die erste auftauchende Impa ist eine Doppelgängerin. Besiege sie und anschließend die markierten Goronen-Hauptmänner im nördlichen Bereich. Dadurch wird die echte Impa sichtbar, die zu Lana aufbrechen will.
Fange Impa ab. Ihre Angriffe verursachen erheblichen Schaden, wenn Du ununterbrochen frontal in sie hineinläufst. Weiche seitlich aus und nutze das Ende ihrer Schwertfolge für Deine Konter. Folge danach der Suche nach Lana. Auch die erste Lana ist nicht die richtige; die weitere Spur führt zur Feenquelle im Süden.
Greife dort Lana und ihre Doppelgänger an, bevor sie vom Schlachtfeld entkommen. Behalte die auseinanderlaufenden Ziele auf der Karte im Blick, statt einem bereits erledigten Gegner weiter zu folgen. Die Skulltula nach 1.000 besiegten Gegnern liegt unter einem Felsen im Nordosten. Mit Lanas Niederlage geht Ganondorfs Angriff auf Hyrule weiter.
Ebene von Hyrule: Link und Zelda abfangen
Zu Beginn der nächsten Schlacht begleitest Du Zanto nach Nordwesten, um den Fels-Kontrollpunkt zu öffnen. Als Link im Süden erscheint, unterbrichst Du die Eskorte und stellst Dich ihm entgegen. Besiege ihn und gehe anschließend wieder zu Zanto zurück. Das Ziel bleibt derselbe Übergang; Du musst nicht unterwegs jede Festung vollständig säubern.
Danach läuft Impa zur Feenquelle. Fange sie ab und besiege sie, bevor ihre Hilfe den weiteren Angriff behindert. Nun erscheinen Link und Zelda erneut und rücken in Richtung Deiner nördlichen Basis vor. Suche beide auf und besiege sie. Eine schon gesicherte Außenfestung hilft Dir wenig, wenn die beiden währenddessen unmittelbar im Hauptquartier kämpfen.
Die 1.000-Gegner-Skulltula liegt in dieser Schlacht unter einem Felsen im Nordosten bei der Ostfeld-Festung. Nach dem Sieg ist die Triforce in Ganondorfs Hand. Für das Finale kehrt die Geschichte wieder zu Link und seinen Verbündeten zurück.